Mục Tông Hoàng đế tên thật là Chu Tái Kỵ (朱載坖)[2], sinh vào ngày 4 tháng 3, năm 1537 tại Tử Cấm Thành, Bắc Kinh. Ông là con trai thứ ba của Minh Thế Tông, mẹ là Khang phi Đỗ thị.

Năm 1539, khi vừa lên 2 tuổi, ông được phong làm Dụ vương (裕王). Đến năm 1549, anh trai ông là Trang Kính Thái tử Chu Tái Duệ qua đời, xét theo thứ tự thì Dụ vương Chu Tái Kỵ sẽ được lập làm Hoàng thái tử nhưng Minh Thế Tông tin vào lời đồn "hai con rồng thì không thể ở cùng nhau" cộng với thấy Tái Duệ ở ngôi Thái tử không được lâu nên trì hoãn không chịu lập Thái tử. Tuy vậy ông vẫn ngầm được thừa nhận là người sẽ kế vị.

Năm 1567, Minh Thế Tông mất, Dụ vương Chu Tái Kỵ lên ngôi, lấy niên hiệu Long Khánh (隆慶), mở đầu cuộc Long Khánh tân chính (隆慶新政).